Н. Н. Глубоковский — автор около 40 опубликованных крупных работ и множества статей. Его магистерская диссертация "Блаженный Феодорит, епископ Кирский. Его жизнь и литературная деятельность", за которую он получил полную Макариевскую премию Учебного комитета при Святейшем Синоде, принесла ему не только всероссийскую, но и мировую известность. Крупнейший исследователь истории раннего христианства А. фон Гарнак назвал этот труд одной из самых выдающихся патристических монографий. Но главным предметом его исследований стала жизнь и деятельность апостола Павла. Изложив и разобрав все построения исторической критики, он выяснял истинное понимание и значение учения апостола Павла, заключая, что и по происхождению, и по содержанию оно "не зависит от естественных условий и обычных факторов, а постулирует к причинам высшим и имеет божественную природу". Кроме того, Н. Н. Глубоковский написал ряд работ по истории церкви и по историографии богословской литературы, фактически став первым историографом русской богословской науки.