Еще в первые годы работы в училище Е. М. Пржевальский начал разрабатывать учебники и учебные пособия по математике, в которых охватывались практически все разделы математики, изучавшиеся в средних учебных заведениях. Свой первый учебник "Начальная алгебра" он опубликовал в 1867 г. Широкой известностью пользовались его "Сборник алгебраических задач" в трех томах, а также "Пятизначные таблицы логарифмов", переиздававшиеся более 20 раз. "Сборник алгебраических задач" был рекомендован известным математиком П. Л. Чебышёвым в качестве пособия для гимназий. Многие его учебные пособия неоднократно переиздавались, в том числе и в советское время, причем практически в каждое новое издание он вносил изменения и дополнения. Книги Е. М. Пржевальского широко использовались как в военных училищах, так и в обычных средних школах России и СССР.