Одним из направлений ономастики, которому В. А. Никонов посвятил многие годы жизни, было изучение фамилий. Им исследовались русские фамилии, формы славянских фамилий, хорватские, мордовские, среднеазиатские и грузинские фамилии.
Разработанный В. А. Никоновым географический подход в изучении фамилий привел его к научному открытию. Среди русского населения европейской части России он впервые выделил четыре основных района, в каждом из которых господствует одна фамилия. Так, на севере преобладает Попов, в Северном Поволжье — Смирнов, в огромной полосе южнее и восточнее Москвы — Кузнецов, а на северо-западе европейской части России — Иванов. По мнению автора, эти четыре массива, каждый из которых охватывает миллионы людей, представляют собой четыре историко-географических слагаемых России: земли суздальско-владимирские, псковско-новгородские, северные и, наконец, земли нового освоения.