А. Ф. Гусев — автор многочисленных работ, в которых затрагивались библейская тематика, вопросы буддизма, учения выдающихся философов — Л. Н. Толстого, А. Шопенгауэра, Г. Спенсера, Дж. Ст. Милля, О. Конта. Им был опубликован ряд статей религиозно-философского содержания, большая часть которых вышла в журнале «Православное обозрение». Известность получили его труды: «Нравственность, как условие истинной цивилизации и специальный предмет науки» (1874), «Зависимость морали от религиозной или философской метафизики» (1886), «Необходимость внешнего богопочтения» (1890), «Отношение евангельского нравоучения к закону Моисея и к учению книжников и фарисеев по Нагорной проповеди Иисуса Христа» (1895), «Разбор возражений Спенсера против учения о Боге, как личном существе» (1896), «О сущности религиозно-нравственного учения Л. Н. Толстого» (1902) и другие.