А. И. Пригожин разработал методологию глубокого управленческого консультирования, а также методики стратегического управления, командообразования, вовлечения персонала в достижение целей организации, прецизионного маркетинга, конкурентного анализа, кадровой политики, оргдиагностики, идеологии бизнеса, оргкультуры и т. д. Автор 11 книг и свыше 500 статей в СМИ. Последние книги: «Методы развития организаций» (2003; переизд. в URSS), «Дезорганизация» (2007; переизд. в URSS), «Цели и ценности» (2010; переизд. в URSS), «Управленческие идеи» (М: URSS). Среди его клиентов — заводы, банки, государственные учреждения, некоммерческие организации, строительные и торговые предприятия и др.