В область научных интересов Б. В. Шабата входили теория функций комплексного переменного, теория функций и функционального анализа. Широкую известность получили написанные им монографии и учебные пособия, многие из которых неоднократно переиздавались. В их числе: «Распределение значений голоморфных отображений», «Методы теории функций комплексного переменного» (совместно с М. А. Лаврентьевым), «Проблемы гидродинамики и их математические модели» (совместно с М. А. Лаврентьевым), «Введение в комплексный анализ» (в двух частях), «Функции комплексного переменного и некоторые их приложения» (совместно с Б. А. Фуксом).