Основные труды А. И. Никитского были посвящены исследованию истории Великого Новгорода и Пскова XI–XV вв. Являясь сторонником государственной школы, он показал Новгородскую землю как экономическое и политическое целое, а также описал ее связи с остальной Русью. Большое место в его исследованиях занимала социально-экономическая тематика. И хотя он во многом идеализировал новгородскую и псковскую «вольность», его работы 1870–1880-х гг. содержали ценнейший фактический материал. Обе его диссертации, а также книга «История экономического быта Великого Новгорода», вышедшая посмертно в 1893 г., стали, по отзывам известных историков Н. И. Костомарова, К. Н. Бестужева-Рюмина и других, ценным вкладом в историческую науку и единственными полными и точными исследованиями по многим ее вопросам.