Основные работы В. О. Беркова были посвящены проблемам гармонии, гармонического анализа, современного гармонического языка, музыкальной формы. Им также были написаны путеводители по классическим операм (некоторые совместно с В. В. Протопоповым). В числе его трудов: «Гармония Глинки», «Гармония Бетховена: Очерки», «Гармония и музыкальная форма», «Гармония» (учебник), «Пособие по гармоническому анализу: Образцы советской музыки в некоторых разделах курса гармонии», «Задачи по гармонии» (совместно с А. А. Степановым), «Сонатная форма и строение сонатно-симфонического цикла», «Формообразующие средства гармонии», «Хроматическая фантазия Я. Свелинка: Из истории гармонии» и другие.