В. Н. Тростников написал и опубликовал ряд научных работ по истории математики и математической логике, затем его интересы постепенно сместились к религиозной философии. Его работы по православному богословию, философии, истории, политологии печатались во многих отечественных журналах и других печатных средствах массовой информации (общее число таких публикаций достигает нескольких сотен). Он также вел лекционную работу на радио и телевидении. В числе его трудов книги по истории математики: «Математики о математиках», «Загадка Эйнштейна», «Жар холодных числ и пафос бесстрастной логики» (М.: URSS; совм. с Б. В. Бирюковым), а также философские труды: «Мысли перед рассветом», «Бог в русской истории», «Православная цивилизация», «Имея жизнь, вернулись к смерти» и другие.