Сфера научных интересов Г. Б. Гутнера — философия науки, методология и онтология естествознания и гуманитарных наук, мотивация научной деятельности и ее влияние на методологические основания науки. Г. Б. Гутнера чрезвычайно интересовала проблематика открытого в ХХ веке коммуникативного характера познания, он написал целый ряд работ, посвященных философии субъективности и философским проблемам коммуникации. В этом русле он занимался вопросами языка и дискурса, взаимодействия религиозных и секулярных дискурсов в постсекулярную эпоху, исследовал трансформацию языковой семантики в идеологии и др. Наиболее известная монография Г. Б. Гутнера — «Риск и ответственность субъекта коммуникативного действия».