Нечипуренко Ю.Д. Анализ связывания биологически активных соединений с нуклеиновыми кислотами

Содержание

Введение

ГЛАВА 1. Описание связывания лигандов с нуклеиновыми кислотами

1.1. Решёточная модель адсорбции

1.2. Модели связывания лигандов на биополимерах

1.3. Схемы связывания

1.4. Характер взаимодействия между адсорбированными лигандами

1.5. Влияние связывания лигандов на состояние матрицы

1.6. Взаимодействие между матрицами, покрытыми лигандом

ГЛАВА 2. Термодинамические и математические методы

2.1. Метод термодинамических потенциалов: подход Скетчарда

2.2. Метод статистических сумм

2.3. Методы получения уравнений связывания

2.3.1. Комбинаторный метод

2.3.2. Метод рекуррентных соотношений

2.4. Применение теории адсорбции для анализа различных ситуаций связывания лигандов с биополимерами

2.4.1. Представление экспериментальных кривых по Скетчарду

2.4.2. Представление кривых по Хиллу

2.4.3. Анализ начального наклона кривых по Гурскому—Заседателеву

ГЛАВА 3. Функции распределения

3.1. Модель адсорбции

3.2. Функции распределения адсорбированных лигандов

3.2.1. Связывание лиганда, который занимает один реакционный центр матрицы

3.2.2. Адсорбция лиганда, который при связывании закрывает несколько реакционных центров

3.3. Некооперативное связывание протяженного лиганда: подход с помощью метода статистических сумм

3.4. Давление решёточного газа

ГЛАВА 4. Кооперативное связывание. Асимптотический метод анализа изотерм адсорбции

4.1. Асимптотический метод анализа изотерм адсорбции

4.2. Неконтактные взаимодействия между адсорбированными лигандами

4.2.1. Характер расположения лигандов на матрице

4.2.2. Уравнения адсорбции

4.2.3. Анализ изотерм адсорбции

4.2.4. Потенциал с прямоугольной ямой

4.3. Взаимодействие лигандов с матрицами НК, имеющими третичную структуру

ГЛАВА 5. Контактные взаимодействия между адсорбированными лигандами (два типа комплекса или два лиганда)

5.1. Система уравнений адсорбции

5.2. Характер расположения лигандов на матрице. Решение уравнений адсорбции

5.3. Связывание лигандов, образующих два типа комплексов с матрицей

5.3.1. Кооперативные взаимодействия, приводящие к образованию цепочек из лигандов на матрице

5.3.2. Кооперативные взаимодействия, приводящие к образованию димеров из адсорбированных на матрице лигандов

5.4. Образование димеров, тримеров и тетрамеров при связывании лигандов на матрице

5.4.1. Образование тримеров при связывании бис-нетропсина на ДНК

5.5. Связывание двух разных лигандов

ГЛАВА 6. Классификация моделей адсорбции, описывающих связывание лигандов с нуклеиновыми кислотами

6.1. Типы взаимодействий между лигандами

6.2. Типы изменений, происходящих с матрицами

ГЛАВА 7. Расчёт профилей вероятности связывания лигандов с ДНК и анализ диаграмм футпринтинга

7.1. Неспецифическое связывание протяженных лигандов

7.2. Специфическое связывание лиганда с ДНК, несущей заданную последовательность пар нуклеотидов

Заключение

Приложение А. Связывание хитозана с ДНК

Приложение Б. Термодинамические модели, описывающие образование «мостиков» между молекулами нуклеиновых кислот в жидких кристаллах

Приложение В. Связывание олигонуклеотидов на микрочипах