URSS.ru - Издательская группа URSS. Научная и учебная литература
Об издательстве Интернет-магазин Контакты Оптовикам и библиотекам Вакансии Пишите нам
КНИГИ НА РУССКОМ ЯЗЫКЕ


 
Вернуться в: Каталог  
Обложка Хаубольд Б., Вие Т. Введение в вычислительную биологию. Эволюционный подход
Id: 157970
 
743 руб.

Введение в вычислительную биологию. Эволюционный подход. +CD

2011. 456 с. Твердый переплет. ISBN 978-5-4344-0014-5. Букинист. Состояние: 4+. Блок текста: 5-. Обложка: 4+.

 Аннотация

Предлагаемое введение в вычислительную эволюционную биологию сочетает два основных подхода в анализе данных о молекулярных последовательностях: изучение взаимного расположения биологических последовательностей в пространстве всех последовательностей и их движения в этом пространстве в процессе эволюции. Соответственно, в первой части книги рассматриваются классические методы анализа последовательностей: парное выравнивание, поиск точного совпадения строк, множественное выравнивание и скрытые марковские модели. В центре внимания второй части находятся задачи молекулярной эволюции: подробно рассматриваются филогенетические деревья, анализ изменчивости последовательностей и динамика генов в популяциях.

Кроме того, к учебнику прилагаются компьютерные программы с графическим интерфейсом, что позволяет читателю самому экспериментировать с рядом ключевых описываемых понятий. Книга предназначена для студентов и аспирантов биологических и других специальностей, изучающих вычислительную биологию и биоинформатику, а также для исследователей в области как молекулярной биологии, генетики, теории эволюции, так и теории вероятностей, алгоритмов и других разделов математики и информатики.

К изданию прилагается CD-диск.


 Содержание

Предисловие

ГЛАВА 1. Введение

1.1. Чтение и запись

1.2. Структура и предмет этой книги

ЧАСТЬ I. ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ В ПРОСТРАНСТВЕ

ГЛАВА 2. Оптимальное парное выравнивание

2.1. Что такое выравнивание?

2.2. Биологическая интерпретация проблемы выравнивания

2.3. Выравнивания с оценкой качества

2.4. Матрицы замен аминокислот

2.5. Число возможных выравниваний

2.6. Глобальное выравнивание

2.7. Секвенирование методом "дробовика" и выравнивание перекрывающихся последовательностей

2.8. Локальное выравнивание

2.9. Адаптация алгоритма для аффинной модели пробелов

2.10. Максимизирующие и минимизирующие схемы оценивания

2.11. Пример применения глобального, локального и перекрывающегося выравниваний

2.12. Резюме

2.13. Литература для дальнейшего чтения

2.14. Упражнения и демонстрации работы программ

ГЛАВА 3. Биологические последовательности и задача поиска точных вхождений строк

3.1. Точные и неточные совпадения строк

3.2. Наивное сравнение строк

3.3. Поиск строки за линейное время

3.4. Деревья

3.5. Сравнение множества с помощью деревьев ключевых слов

3.6. Суффиксные деревья

3.7. Построение суффиксных деревьев

3.8. Суффиксные массивы

3.9. Повторяющиеся последовательности в геномике

3.10. Выявление повторяющихся и уникальных подстрок

3.11. Максимальные повторы

3.12. Обобщенное суффиксное дерево

3.13. Задача самой длинной общей подстроки

3.14. k-несовпадения

3.15. Резюме

3.16. Дополнительное чтение

3.17. Упражнения и демонстрация работы программ

ГЛАВА 4. Быстрое выравнивание: сравнение геномов и поиск в базах данных

4.1. Глобальное выравнивание

4.2. Локальное выравнивание

4.3. Состав базы данных

4.4. Эвристические и оптимальные методы построения выравнивания

4.5. Приложение: выявление генных семейств

4.6. Статистика локальных выравниваний

4.7. Битовый вес

4.8. Резюме

4.9. Дополнительная литература

4.10. Упражнения и демонстрации работы программ

ГЛАВА 5. Множественное выравнивание последовательностей

5.1. Оценивание множественных выравниваний

5.2. Построение множественного выравнивания методом динамического программирования

5.3. Эвристическое множественное выравнивание

5.4. Резюме

5.5. Дополнительное чтение

5.6. Вопросы и упражнения

ГЛАВА 6. Профили последовательностей и скрытые марковские модели

6.1. Анализ с использованием профилей

6.2. Скрытые марковские модели

6.3. Профильные скрытые марковские модели

6.4. Резюме

6.5. Дополнительная литература

6.6. Упражнения и демонстрация работы программ

ГЛАВА 7. Предсказание генов

7.1. Что такое ген?

7.2. Поиск генов вычислительными методами

7.3. Меры точности предсказания генов

7.4. Ab initio методы предсказаний: поиск сигналов и анализ

7.5. Сравнительные методы

7.6. Проблемы и перспективы

7.7. Резюме

7.8. Дальнейшее чтение

7.9. Упражнения

ЧАСТЬ II. ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ ВО ВРЕМЕНИ

ГЛАВА 8. Филогения

8.1. А было ли дерево? - Статистическая геометрия

8.2. Теория отображений правдоподобия

8.3. Число возможных филогений

8.4. Методы, основанные на расстояниях

8.5. Метод максимальной экономии

8.6. Метод максимального правдоподобия

8.7. Поиск в пространстве деревьев

8.8. Оценка значимости филогений с помощью бутстрепа

8.9. Резюме

8.10. Дальнейшее чтение

8.11. Упражнения и вопросы

ГЛАВА 9. Изменчивость последовательностей и молекулярная эволюция

9.1. Летопись прошлых событий

9.2. Мутации и замены

9.3. Молекулярные часы

9.4. Явные модели молекулярной эволюции

9.5. Оценивание скорости эволюции

9.6. Кодирующие последовательности: синонимичные и несинонимичные замены

9.7. Замены в глобиновых последовательностях

9.8. Применение Ka/Ks-теста

9.9. Резюме

9.10. Дополнительная литература

9.11. Упражнения

ГЛАВА 10. Гены в популяциях: проспективный анализ

10.1. Полиморфизм и генетическое разнообразие

10.2. Теория нейтральной эволюции

10.3. Проспективное моделирование эволюции

10.4. Нейтральная модель Райта-Фишера

10.5. Добавление в модель мутаций

10.6. Равновесие между дрейфом и мутациями

10.7. Выборки аллелей из популяций

10.8. Отбор

10.9. Резюме

10.10.Дополнительная литература

10.11.Упражнения и демонстрация работы программ

ГЛАВА 11. Гены в популяциях: ретроспективный анализ

11.1. Генеалогии особей и генеалогии генов

11.2. Проспективный и ретроспективный подходы

11.3. Коалесцент

11.4. Коалесцентные и филогенетические деревья

11.5. Модель бесконечного числа сайтов и число SNP

11.6. Математические свойства нейтрального коалесцента

11.7. Пример моделирования

11.8. Рекомбинация

11.9. Отбор

11.10.Сочетание рекомбинации и отбора

11.11.Резюме

11.12.Дополнительная литература

11.13.Упражнения и демонстрация работы программ

ГЛАВА 12. Проверка эволюционных гипотез

12.1. Тест Хадсона-Крейтмана-Агуаде (HKA)

12.2. Тест Тадзимы

12.3. Тест Фу и Ли

12.4. Тест Макдональда-Крейтмана

12.5. Минимальное число рекомбинационных событий

12.6. Выявление неравновесия по сцеплению

12.7. Имплементация

12.8. Резюме

12.9. Упражнения и демонстрация работы программ

ПРИЛОЖЕНИЕ A. bioinformer

ПРИЛОЖЕНИЕ B. Теория вероятностей

ПРИЛОЖЕНИЕ C. Молекулярная биология. Рисунки и таблицы

ПРИЛОЖЕНИЕ D. Ресурсы

Ответы к упражнениям

Литература

Глоссарий

Именной указатель

Предметный указатель

 
© URSS 2016.

Информация о Продавце