URSS.ru - Издательская группа URSS. Научная и учебная литература
Об издательстве Интернет-магазин Контакты Оптовикам и библиотекам Вакансии Пишите нам
КНИГИ НА РУССКОМ ЯЗЫКЕ


 
Вернуться в: Каталог  
Обложка Лахно В.Д., Устинин М.Н. Компьютеры и суперкомпьютеры в биологии (CD прилагается)
Id: 12727
 

Компьютеры и суперкомпьютеры в биологии (CD прилагается).

2002. 528 с. Твердый переплет. ISBN 5-93972-188-5. Букинист. Состояние: 4+. .
Обращаем Ваше внимание, что книги с пометкой "Предварительный заказ!" невозможно купить сразу. Если такие книги содержатся в Вашем заказе, их цена и стоимость доставки не учитываются в общей стоимости заказа. В течение 1-3 дней по электронной почте или СМС мы уточним наличие этих книг или отсутствие возможности их приобретения и сообщим окончательную стоимость заказа.

 Аннотация

Книга посвящена применению компьютеров и суперкомпьютеров в молекулярной биологии, биофизике, экологии и медицине. Коллектив авторов книги - исследователи, обладающие уникальным опытом суперкомпьютерных вычислений в биологических задачах. Материал книги содержится в 2-х частях: "Структура и физические свойства ДНК и белков, перенос заряда в ДНК, реакционный центр фотосинтеза" (часть 1) и "Биоинформатика, компьютерная экология и медицина" (часть 2).

Исключительно широкий охват проблем и строгий стиль изложения помогут исследователям из других областей точных наук, а также аспирантам и студентам старших курсов естественнонаучных специальностей, включиться в решение актуальных задач современной биологии.


 Оглавление

ЧАСТЬ I   СТРУКТУРА И ФИЗИЧЕСКИЕ СВОЙСТВА ДНК И БЕЛ
КОВ, ПЕРЕНОС ЗАРЯДА В ДНК, РЕАКЦИОННЫЙ ЦЕНТР ФО
ТОСИНТЕЗА	13
Предисловие к первой части        15
ГЛАВА 1   ВДЛахно Вычислительные задачи компьютерной био
логии   	18
11   Введение  	18
12   Задачи компьютерной биологии   	18
13   Первичные структуры 	20
14   Рентгеноструктурный анализ белков  	24
15   Фолдинг белков   	26
16   Моделирование структуры и динамики макромолекул  	27
17   Прикладные задачи компьютерной биологии 	29
Литература  	33
"ЛАВА 2  ААЗимин, ВДЛахно, НННазипова Биологические макромолекулы: структура, формы и функции      35
21   Введение     35
22   Нуклеиновые кислоты (ДНК и РНК)      35
23   Белки     40
24   Пространственные структуры молекул биополимеров и методы их исследования    44
25   Методы определения первичных структур молекул ДНК,
РНК и белков    47
Литература      53
ГЛАВА 3   ВЮЛунин Определение пространственной структуры биологических макромолекул      55
31   Введение       55
311  Основы рентгеноструктурного анализа     55
312   Современные проблемы макромолекулярной кристаллографии     58
313   Основные стадии рентгеноструктурного анализа        59
314  Различные уровни описания структуры белковых молекул      60
315   Основные этапы расшифровки структуры по данным
рентгеновского рассеяния    62
316   Как «увидеть» функцию трех переменных      65
317   Фазовая проблема рентгеноструктурного анализа      67
32   Фазовая проблема     70
321   Терминология и обозначения    72
322   Дополнительная информация об исследуемом объекте    75
33   Прямое определение фаз при низком разрешении    86
331   Основные определения      87
332   Процедура ab-initio определения фаз      88
333   Использование гистограмм синтезов Фурье      91
334   Определение фаз на основе свойств связности    96
335   Определение фаз на основе максимизации правдоподобия    101
336  Использование псевдо-моделей    103
337   Комбинация методов Определение низкоугловых фаз
для рибосомальной частицы T50S  106
338   Определение структуры частицы липопротеина низкой плотности (LDL)    107
34   Методы модификации электронной плотности  108
341  Запись ограничений в виде функционального уравнения 109
342   Уравнения для структурных факторов  111
343   Итерационная процедура уточнения значений фаз  112
344   Определение значений фаз как проблема минимизации 113
35   Н Л Лунина Использование метода РАМ     114
351   Основные положения   114
352   Описание FAM-метода и результаты его тестирования   117 Литература   130
ГЛАВА 4   ВДЛахно Динамика переноса дырки в нуклеотидных
последовательностях 	137
41   Введение  	137
42   Квантово-механическая модель   	139
43   Параметры модели 	143
44   Перенос дырки из состояния, близкого к релаксированному   	146
45   Перенос дырки из нерелаксированного состояния 	155
46   Сравнение теории с экспериментом 	157
47   Осциллирующая природа переноса заряда в ДНК 	161
48   Обобщение модели   	164
49   Сравнение с другими подходами 	165
410 Перспективы развития теории  	167
Литература   	167
ГЛАВА 5   ВДЛахно, Н С Фиалка Перенос заряда в ДНК на большое расстояние    172
51   Введение   172
52   Математическая модель  174
53   Некоторые частные случаи  176
54   Рассматриваемая система  179
55   Стоячая уединенная волна    181
56   Движущийся солитон  182
57   Моделирование переноса в однородной цепочке  184
58   Моделирование донора и акцептора  186
59   Обсуждение результатов    191
Литература    193
ГЛАВА 6   В Д Лахно Моделирование первичных процессов переноса заряда в реакционном центре фотосинтеза    195
61   Введение   195
62   Первичные процессы переноса в фотореакционном центре
фотосинтеза    196
63   Математическая модель  197
64   Параметры электронного переноса    199
65   Результаты численных расчетов    200
66   Возможности более детального учета структурных и динамических свойств фотореакционного центра  202
67   Дальнейшие обсуждения и сравнение с другими подходами   205
68   Заключительные замечания  206
Литература    206
ГЛАВА  7 ДАТихонов Метод интегральных уравнений теории жидкости для изучения гидратации макромолекул  209
71   Введение   209
72   Уравнения RISM для исследования сольватации (гидратации)
макромолекул    211
73   Численная схема  213
74   Дальнейшие приближения в методе RISM, делающие его более эффективным в вычислительном отношении  221
75   Алгоритм решения уравнений RISM методом Ньютона-Крылова     222
76   Результаты расчетов  225
77   Заключение  229
Приложение   Нестационарные  итерационные  методы решения
СЛАУ «Методы подпространств Крылова»  230
Литература    233
ГЛАВА 8 А В Теплухин, Ю С Лемешева Изучение строения водной оболочки двуспиральных
 фрагментов В-ДНК poly(dA):poly(dT) с помощью моделирования на параллельных вычислительных системах  234
81   Введение    234
82   Состояние проблемы    235
83   Методы и алгоритмы для компьютерных экспериментов      236
84   Результаты исследований  237
Литература    239
Цветные иллюстрации
ЧАСТЬ II   БИОИНФОРМАТИКА,  КОМПЬЮТЕРНАЯ  ЭКОЛО
ГИЯ И МЕДИЦИНА	241
Предисловие ко второй части    243
ГЛАВА 1   ЮЕ Елькин Волны возбуждения в биологических системах и кинематический подход к их изучению    247
11   Введение: автоколебания и автоволны в природе  247
12   Автоволновые образы на плоскости и работа сердца    250
121  Пейсмекер    250
122  Два пейсмекера    250
123  Спиральная волна   251
13   О математических методах исследования автоволн    253
14   Кинематический подход  255
141  Геометрическое описание волн возбуждения  255
142  О точном решении стационарных кинематических
уравнений     260
143  Некоторые результаты применения геометрических
методов  263
144  Сравнение альтернативных геометрических подходов  265
145  О распространении обобщенной кинематики на трехмерный случай  268
15   Заключение  269
Литература   270
ГЛАВА 2  А Р Сковорода Ранняя неинвазивная диагностика тканевых аномалий как задача вычислительной математики    274
21   Введение   274
22   Основные соотношения, механические характеристики и экспериментальные данные    275
23   Реконструкция модуля сдвига объекта исследования по данным о его деформированном состоянии  283
24   Заключительные замечания  292
НКлишко Методы количественной оценки упругих характеристик мягких биологических тканей       294
25   Оценка упругих свойств тканей методом вдавливания штампа, на основе тестирования послеоперационных образцов     294
26   Резонансный метод определения модуля сдвига упругого слоя 299
261   Задача о динамическом равновесии пластинки, нагруженной осесимметричными периодическими внешними силами  299
262   Задача о динамическом равновесии упругого слоя при
осесимметричном нагружении одной из его границ   301
263   Определение резонансных частот тонкой пластинки, лежащей на упругом слое и нагруженной периодической внешней силой  309
Литература    313
ГЛАВА 3 М Н Устинин, С А Махортых, А М Молчанов, М М Оль-шевец, А Н Панкратов, Н М Панкратова,
В И Сухарев, В В Сычев Задачи анализа данных магнитной энцефалографии    327
31   Введение   327
32   Моделирование биомагнитной активности мозга   331
33   Решение прямых и обратных задач магнитной энцефалографииЗЗВ
331   Решение обратной задачи  339
332   Процедура подгонки момента    340
333   Подгонка амплитуды диполя  341
34   Исследование динамических характеристик данных МЭГ     342
341   Вычисление корреляционной размерности сигнала     342
342   Алгоритм вычисления размерности аттрактора  345
35   Заключение  347
Литература    348
ГЛАВА 4 Л Г Хинина, А С Комаров, В Э Смирнов, М В Бобровский, И Е Сизов, Е М Глухова Вычислительная экология  350
41   Введение Вычислительная экология: определение, основные
задачи  350
42   Базы данных  351
43   Динамическое моделирование    356
431   Методологические аспекты создания имитационных
моделей сложных систем  356
432  Моделирование лесных экосистем  359
433   Математическая демография растений    365
44   Многомерный анализ экологических данных  371
441   Основные методы многомерного анализа экологических данных    371
442   Классификация описаний растительности    372
443   Выделение функциональных групп видов     374
45   Пространственный анализ экологических данных  376
451  Основные методы пространственного анализа экологических данных  376
452   Применение ГИС-технологий для оценки биоразнообразия растительности  379
46   Визуализация  381
47   Заключение  383
Литература    383
ГЛАВА 5 НН Назипова, М Н Устинин Решение задач расшифровки генетической информации, заложенной в биологических последовательностях  392
51   Введение   392
52   Выделение на протяженной генетической последовательности белок-кодирующих областей  396
521   Постановка задачи  396
522   Методы распознавания кодирующих участков, использующие статистические характеристики кодирующих участков геномов  397
523   Меры кодирования  401
524   Эффективность мер кодирования    412
525   Математические методы распознавания генов, используемые в современных программах 413
53   Приписывание функции генам  416
54   Заключение  419
Литература    422
ГЛАВА 6 ТВАстахова, НВОлейникова, МАРойтберг Сравнительный анализ информационных биополимеров  433
61   Введение Развитие методов анализа биополимеров  433
62   Другой подход к проблеме выравнивания аминокислотных
последовательностей Парето-оптимальные выравнивания    439
63   Распознавание белок-кодирующих областей в последовательностях ДНК — важная задача анализа биологических последовательностей  442
64   Современные задачи сравнительного анализа биологических последовательностей, предпосылки для применения параллельных вычислений  447
65   Исследование  достоверности выравнивания  аминокислотных последовательностей  449
651   Источник структурно адекватных выравниваний     449
652  Мера сходства последовательностей  450
653  Мера сходства выравниваний Понятие «острова»   451
654   Зависимость степени сходства структурного и после-довательностного выравнивания от степени сходства исследуемых белков  452
655  Детальное изучение выравниваний Угаданые «острова»453 Литература    455
ГЛАВА 7 М Н Устинин, И А Никонов, М М Ольшевец Цифровая диагностика и телемедицина  458
71   Введение   458
72   Цифровая рентгенография    459
73   Программное обеспечение цифровой рентгеновской приставки462
74   Основные операции  обработки цифровых рентгеновских
снимков  465
75   Аппроксимация цифровых рентгеновских снимков в базисах
всплесков  470
Литература   474
ГЛАВА 8 С В Филиппов, Е В Соболев Использование технологий профессиональной компьютерной графики для визуализации результатов научных исследований  476
81   Введение   476
82   Компоузинг  477
821   Adobe After Effects®  478
822   Discreet Combustion®    486
83   ЗD-моделирование и анимация  490
84   Рендеринг     495
85   Заключение  496
Литература   497
Глоссарий    498
 
© URSS 2016.

Информация о Продавце