Доктор физико-математических наук, профессор. Несколько лет преподавал в средней школе и в Московском физико-техническом институте. Около четверти века Э. Э. Шноль был сотрудником Института прикладной математики АН СССР, который носит теперь имя М. В. Келдыша.
С 1970 года автор работал в пущинском Центре биологических исследований АН СССР (впоследствии — Российской академии наук). В течение многих лет возглавлял лабораторию вычислительной математики, где под его руководством разрабатывались алгоритмы решения задач современной математической биологии.